Cho tới thời điểm 2019, Trường Đại học Y Dược Hải Phòng đã thực hiện 8 đề tài cấp Nhà nước và theo Nghị định thư Hợp tác quốc tế (5 đề tài đã nghiệm thu), 16 đề tài cấp Bộ, 14 đề tài cấp Thành phố, 977 đề tài cấp cơ sở. Các đề tài đã sử dụng các kỹ thuật nghiên cứu khác nhau, từ các nghiên cứu cơ bản trong labo, nghiên cứu lâm sàng, nghiên cứu cộng đồng cả định tính và định lượng. Một số nghiên cứu phối hợp với các trường Đại học lớn trên thế giới cũng đã và đang được triển khai với hiệu quả ứng dụng cao và đang được triển khai.

Các nghiên cứu cơ bản đi vào nghiên cứu y sinh học, vi sinh, ký sinh trùng, hóa sinh… đều trực tiếp phục vụ cho giảng dạy y học và phục vụ bệnh nhân. Nhiều nghiên cứu lâm sàng đã được tiến hành trên các lĩnh vực nội, ngoại, sản, nhi, lây, da liễu, tâm thần, thần kinh,… nghiên cứu về các bệnh mang tính địa phương như do nghèo đói, HIV/AIDS, lao và các vấn đề y tế nổi cộm… Các nghiên cứu lâm sàng thường được phối hợp chặt chẽ với các bệnh viện như: Bệnh viện Việt Tiệp, Bệnh viện Nhi, Bệnh viện Phụ sản, Bệnh viện Đại học Y Hải Phòng,… và luôn tuân thủ nghiêm các quy định về đạo đức trong nghiên cứu y học.

Trường đại học Y Dược Hải Phòng hiên đang tập trung phát triển một số hướng nghiên cứu chuyên sâu về lĩnh vực sinh học phân tử, di truyền, nghiên cứu phát triển thuốc từ nguồn tự nhiên, nghiên cứu thử nghiệm lâm sàng và các nghiên cứu ứng dụng trực tiếp cho việc nâng cao chất lượng dự phòng, chẩn đoán, điều trị và chăm sóc phục hồi cho người bệnh.